Если win95-98 - простым копированием. Не скопируется только файл подкачки, но это не беда - сам создастся. winNT-2000 - надо создавать "образ диска" программами типа Ghost XP - также, но если честная - могут быть проблемы
есть такоя программа как HDDCOPY, вотона умеет точно копировать разделы FAT и FAT32 с любого размера на любой, а вот NTFS должны точно совпадать, Я уже не одну систему так перенес.
Есть такая программа "Acronis True Image", она платная но круче нее я ничего подобного не видел. Сам ОЧЕНЬ ЧАСТО пользуюсь перед установкой нового софта - если не получилось или не понравилась работа - с помощью Acronis делаю восстановление, перенос копирование и тп любой опрерационной системы Работает с FAT, FAT32, NTFS и.т.п. Если интересно - пиши в личное, поможем.