На общей системе все заработанное делится на две части: все затраты включая з/п оставшаяся после затрат прибыль
з/п облагается ЕСН и НДФО прибыль облагается налогом на прибыль
Я думаю, что вы ошибаетесь: когда я перешла с единого налога на общую систему в 2006-м году, меня заставили задекларировать доход (условно 100 гривен) и заплатить авансом 15 гривен (что, как понимаете, отнюдь не 25%, а 15%, т.е. НДФЛ).